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中科院細胞所存儲進化史:從數據抽屜發(fā)展到10PB數據平臺

2020-10-28 16:49 3931
浪潮存儲為中科院細胞所提供了備份軟件、浪潮磁帶庫相結合的數據備份方案,采用LAN FREE和LAN備份方式實現(xiàn)集中、統(tǒng)一、快速、自動的數據備份,降低數據丟失風險。正是基于浪潮與研究所的合作,一批重點科研項目才得以順利進行。

北京2020年10月28日 /美通社/ -- “這就是課題組的全部研究成果?!笨茖W家打開他的抽屜,里面塞滿了移動硬盤,這讓徐姚晨很是驚訝。將數據中心藏在抽屜里,顯然存在安全風險,至少應該進行異地備份,而且如此“分散堆放”的存儲介質,也不利于后續(xù)在線的研究分析。

從抽屜里的數據中心開始

這是15年前的“故事”,徐姚晨現(xiàn)任中科院分子細胞科學卓越創(chuàng)新中心信息建設與運維部主管,他所在的研究所更是大有來頭。中科院生化與細胞所是中國生命科學領域,最具科研實力、最具影響力的國立研究機構之一,曾經成功破解牛胰島素拆分、合成的科學難題,這也可能是新中國成立后,最早接近諾獎的一項研究成果。

回到文章開篇所述,“抽屜里的數據中心”確實已經稍顯原始。雖然55年前,中國的前輩科學家僅依靠分液漏斗、三頸反應瓶,就可人工合成牛胰島素,但現(xiàn)在“抽屜里的數據中心”,顯然在制約后輩科學家的工作效率。

“2006年,上海生命科學研究院(2016年,上海生命科學研究院從中科院生化與細胞所獨立)建立了第一套300GB的存儲系統(tǒng),這已經是當時生命科學領域,較先進的存儲系統(tǒng)。”徐姚晨回憶當時的起步略有感慨?,F(xiàn)在來看,300GB的存儲容量確實小了一些,主流筆記本的硬盤配置也不只如此,甚至1TB移動硬盤的價格,還不到300元,但300GB的存儲就是研究所“平臺思維”的開始。

一花一世界

“目前,研究所數據中心的容量已經達到10PB,而且?guī)缀跞坎捎美顺钡脑O備?!毙煲Τ繉⒃捥?0余年后。而從GB到PB不僅是兩個數量級的差異,這更代表了IT技術與生命科學的深度融合。

其實,2010年是一個重要時間節(jié)點,生物科學的試驗手段和試驗設備,在此后均出現(xiàn)大規(guī)模更新?lián)Q代。當然,此時需要采集的研究數據也呈現(xiàn)爆發(fā)式增長。而這背后,更隱含著對存儲空間、I/O性能、高并發(fā)性能的更高訴求,以及設備管理、子系統(tǒng)管理、數據管理等諸多問題。

這又是一個相對專業(yè)的話題。生物科學被譽為“21世紀的科學”,細胞生物學又是生命科學研究的最前沿領域。通過研究細胞的生命活動過程、基因調控,以及細胞與微環(huán)境的關系,即可了解細胞的健康活動和發(fā)育過程。解答人類壽命到底可以延長多久?是什么控制著器官再生?為什么人類基因會如此之多?等一系列問題。

所謂一花一世界,大致就可描述科學家對細胞的研究。因為顯微成像、基因組學、蛋白質組學檢測,均會產生海量數據,而中科院生化與細胞所正是基于對上述課題的研究,決定進行數據存儲設備采購,以數字化技術提升為細胞研究提速。

數據存儲也必須分層

問題也是由此而來。

這里有必要對中科院生化與細胞所,再進行詳細介紹。研究所下設數十個實驗室,研究方向涵蓋:基因調控、RNA、表觀遺傳學;蛋白質科學;細胞信號轉導;細胞與干細胞生物學;癌癥和其它重大疾病機理等五大前沿領域。

也就是說,研究所的存儲平臺峰值時,需同時支撐超過70個課題組,近1000多名用戶。而且課題組的研究方向不一樣,試驗手段不一樣,產生的數據類型也不一樣,調用和分析數據的方法更不一樣。

“科學家對計算和存儲一直十分挑剔?!毙煲Τ块_始解釋他的工作??梢韵胂螅茖W家經過幾天不眠不休,將小鼠數字化,而一旦數據丟失,所有的研究成果都將付諸東流?!八裕覀兊墓ぷ骶褪亲尶茖W家安心于科研?!?/p>

浪潮新存儲之道
浪潮新存儲之道

經過與浪潮解決方案專家的聯(lián)合研究,一套涵蓋計算、網絡、存儲、大數據、虛擬化、安全、備份等多種IT設備,可服務數據全生命周期的存儲解決方案,已經部署于中科院細胞所,而且此解決方案已經實現(xiàn)了“分層”,即特定的需求黏性聯(lián)接特定的產品,這樣冷、熱數據可以分層存儲使用,系統(tǒng)效率大幅度提升。

具體而言,在核心業(yè)務方面,浪潮存儲提供了由多套統(tǒng)一存儲構建的統(tǒng)一數據資源池,用于承載生物細胞分析和研究的核心業(yè)務。浪潮存儲基于iTurbo智能引擎技術,可以智能感知前端Lustre高性能計算業(yè)務的I/O負載,實現(xiàn)數據智能調度和智能管理,讓百萬級IOPS在存儲系統(tǒng)內自由流動,大幅提升細胞研究的數據處理效率。

面對海量實驗室數據,浪潮存儲提供了分布式存儲平臺?;诜植际饺珜ΨQ架構,不僅能保證所有節(jié)點的數據一致性,而且隨著細胞研究數據量的增加,還可以靈活擴展存儲節(jié)點,最大可擴展至EB級,輕松容納海量實驗室數據。同時,浪潮分布式存儲還能以一套存儲并發(fā)提供文件、塊、對象,以及大數據四種存儲服務,滿足文件共享、云計算、大數據等不同業(yè)務的訪問需求。

浪潮對需求的理解會說話

這里再插播一個小故事。數年前,浪潮推出分布式存儲系統(tǒng),徐姚晨看到新聞很是激動,彼時本土科技企業(yè)尚無人推出類似產品,但徐姚晨又暫時無法說服他的同事,因為科學研究可以永遠鼓勵創(chuàng)新嘗試,但支撐科學研究又不允許他去嘗試。

現(xiàn)在已經時過境遷。如今的本土存儲系統(tǒng),更像一個既會賺錢,又愛家庭的男人。因為他們的產品會說話,浪潮已經具有從軟件到硬件的全棧自研能力,也因為他們對用戶需求的理解更會說話,所有特定需求都會得到滿足。

浪潮存儲
浪潮存儲

其實,浪潮一直與國內多家高校和研究所,保持著緊密的合作。這也使其有機會接觸到更前沿的應用需求,研制出更具創(chuàng)新價值的產品功能。舉例說明,基于與復旦大學在腦科學領域的合作,浪潮形成了“軟拷貝”技術;基于與清華大學在RUSH腦成像領域的合作,浪潮存儲提供了成熟的“回收站”技術。此外,浪潮在存儲領域首創(chuàng)的零拷貝、閃搜索等技術,也都源自于科研院所的合作。

而回到中科院生化與細胞所的應用,IT系統(tǒng)正在成為研究所之“膽”。浪潮存儲為細胞研究配置了,業(yè)界首創(chuàng)的文件系統(tǒng)級別的回收站功能,防止多人操作同一源數據時,重要文件誤刪除。同時通過糾刪碼+副本的方式,進一步為數據提供保護。

而在數據保護方面,浪潮存儲為中科院細胞所提供了備份軟件、浪潮磁帶庫相結合的數據備份方案,采用LAN FREE和LAN備份方式實現(xiàn)集中、統(tǒng)一、快速、自動的數據備份,降低數據丟失風險。

也正是基于上述解決方案,正是基于浪潮與研究所的合作,“動物復雜性狀的進化解析與調控”等一批重點科研項目,得以順利進行?!岸@些項目,正是科學家原本在計算與存儲方面不敢做,也做不動的課題。”徐姚晨最后說。

消息來源:浪潮
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